Mary Susan Makobatjatji Malahlela est née à Pietersburg (actuel Polokwane)[1] dans le nord de la province du Transvaal (actuel Limpopo) en Afrique du Sud. Son père est Thadius Chweu Malahlela, converti à la religion chrétienne. Celui-ci est chassé de sa maison pour avoir refusé de faire mourir des enfants jumeaux, les jumeaux étant considérés comme une malédiction[2].
Elle étudie dans un établissement de l'église méthodiste à Juliwe, près de Johannesbourg, fréquente ensuite l'Université de Fort Hare, et en 1941, reçoit une bourse pour étudier la médecine à l'Université du Witwatersrand.
En 1947, Mary Malahlela est diplômée de l'école de médecine et s'enregistre en tant que médecin, devenant la première femme noire de cette profession en Afrique du Sud[3].
Mary Malahlela ouvre un cabinet privé à Kliptown, puis à Mofolo Sud. À la suite de la mise en œuvre du Group Areas Act, elle travaille à la clinique de Dobsonville[4],[5],[6],[7].
Elle meurt en 1981, âgée de 65 ans, après une crise cardiaque, en faisant du bénévolat avec Nthato Motlana en milieu rural à Sandton, en banlieue de Johannesburg[8].