À son retour au Kenya en 1932[2], Cowie s'inquiète de la diminution du nombre d'animaux sauvages au cours de ses neuf années d'absence[3]. L'absence totale de politique gouvernementale en matière de conservation est la principale cause de cette diminution[1]. Cowie s'inquiète de la pression exercée par l'homme sur les zones sauvages. Il pensait qu'il fallait créer des zones spéciales où les animaux sauvages pourraient vivre sans être dérangés par l'homme[4]. Il s'est rendu compte que seul le tourisme pourrait générer les revenus nécessaires à la mise en place des infrastructures, y compris les parcs, nécessaires à la protection des animaux. Il envisageait une série de parcs nationaux et un système efficace de préservation du gibier[1]. Cependant, les gouvernements des territoires coloniaux britanniques se sont opposés à la création de parcs nationaux[4].
Entre 1932 et 1939, Cowie est un conseiller de district à Nairobi. Il a également fait campagne sans relâche pour la protection de la faune et de la flore. Frustré par l'inaction du gouvernement dans ce domaine, il utilise le stratagème consistant à préconiser anonymement la destruction de tous les animaux sauvages d'Afrique de l'Est pour améliorer l'agriculture[1]. Jouant l'avocat du diable pour pousser l'opinion publique à s'opposer à la chasse[5], il écrit une lettre à l’East African Standard signée «Old Settler» qui propose l'abattage de tous les animaux sauvages du Kenya[2],[4]. Cette proposition soulève un tollé et le gouvernement est contraint d'agir et de former un comité chargé d'examiner la question[1]. Un conseil des parcs nationaux est finalement créé, dont Cowie est le président[4]. Le parc national de Nairobi, premier parc national du Kenya, est ouvert en 1946, et Cowie en est le directeur exécutif. Il a ouvert une série de parcs dans toute l'Afrique de l'Est, et a aidé et conseillé la création de parcs au Tanganyika et en Ouganda[1]. Le parc national de Serengeti, au Tanganyika, a été classé en 1951. Le parc national de la Reine Elizabeth et celui des Chutes Murchison sont créés en Ouganda en 1952[4]. Administrateur pragmatique, il apprend à piloter un avion pour pouvoir patrouiller dans les parcs dont il est responsable[2]. Son avion est un jour pris en chasse par un rhinocéros alors qu'il tente d'atterrir à un avant-poste du parc[1].
Cowie a siégé au Conseil législatif du Kenya(en) pendant dix ans. Il est directeur de la main-d'œuvre pendant la révolte des Mau Mau de 1953. Il a organisé et géré de vastes opérations de lutte contre le braconnage et est le fondateur et le directeur des Royal National Parks of Kenya de 1946 à 1966. Il est vice-président de l'East African Tourist Travel Association de 1950 à 1965 et le représentant de l'Afrique de l'Est pour l'Alliance internationale de tourisme[1]. Dans les années 1950, il a également présenté une série d'émissions télévisées d'histoire naturelle à la BBC[6]. Il est devenu Commandeur de l'Ordre de l'Empire britannique (CBE) en 1960[7]. Il démissionne des Parcs nationaux royaux du Kenya en 1966. En 1970, il est consultant principal auprès du Fonds mondial pour la nature. En 1972, il rejoint la Fondation africaine de médecine et de recherche à Nairobi en tant que directeur financier[1].
Cowie a écrit les livres Fly Vulture (1961), I Walk with Lions (1964) et African Lion (1965)[10],[11]. Le film britannique de 1951 Where No Vultures Fly(en) (rebaptisé Ivory Hunter aux États-Unis) est un récit fictif du travail de Cowie[1],[12].
Cowie épouse Molly Beaty en 1934. Ils ont eu deux fils et une fille. Beaty meurt en 1956. Il épouse Valori Hare Duke en 1957, avec qui il a un fils et une fille[1]. Il se retire en Angleterre en 1989 et s'installe près de Saxmundham, dans le Suffolk. Il meurt d'une crise cardiaque à l'âge de 87 ans le à l'hôpital d'Ipswich(en)[8].
12345«Mervyn Cowie, Champion of African Wildlife Who Helped Create Park System, Dies at 87», New York Times, (lire en ligne, consulté le )
↑Edward I. Steinhart, Black Poachers, White Hunters: A Social History of Hunting in Colonial Kenya, James Currey Publishers, , 182p. (ISBN0-85255-960-7, lire en ligne)
↑William V. Mayer, «Reviewed work: The African Lion by Mervyn Cowie», The American Biology Teacher, vol.29, no7, , p.572 (DOI10.2307/4441840, JSTOR4441840)
↑R. J. Wheater, «joint review of The African Lion by Mervyn Cowie, and The African Elephant by Rennie Bere», Oryx, vol.8, no6, , p.382 (DOI10.1017/S0030605300005585, S2CID83475863)