De nombreuses espèces différentes de Methanobacterium ont été décrites et nommées[3].
Methanobacterium formicicum est une archée présente dans la panse des ruminants[4]. La flore intestinale dégrade les aliments (polysaccharides, protéines et lipides) en molécules organiques ensuite converties en méthane par des Methanobacterium telles que Methanobacterium formicicum.[4] En cas d'introduction dans la flore intestinale de l'humain ou d'autres espèces non ruminantes, Methanobacterium formicicum peut provoquer des troubles gastro-intestinaux et métaboliques[4].
Methanobacterium oryzae a été isolée à partir d'un sol de rizière aux Philippines[5]. Les méthanogènes trouvées dans les rizières, comme Methanobacterium oryzae, utilisent souvent l'hydrogène et l'acétate comme principale source d'énergie et sont ainsi classées parmi les méthanogènes acétoclastiques et hydrogénotrophes[5]. Les Methanobacterium et autres méthanogènes dans les rizières constituent une source importante de méthane, un puissant gaz à effet de serre[5].
Methanobacterium palustre est fréquent dans les zones humides ou marécageuses et a été découvert initialement dans une tourbière de Bavière[6].
Methanobacterium arcticum a été isolée à partir de sédiments du pergélisol russe dans la région de la Kolyma[3]. Cette espèce métabolise uniquement l'hydrogène, le dioxyde de carbone et le formiate: contrairement à d'autres espèces de Methanobacterium, elle n'utilise pas l'acétate pour sa croissance[3].
Methanobacterium thermoautotrophicum peut transférer de l'ADN d'une cellule à une autre par transformation génétique naturelle[7]. Chez les archées, ce processus de transformation génétique semble être une adaptation permettant de réparer les dommages à l'ADN d'une cellule à partir des informations génétiques intactes d'une autre cellule[8].
La bactérie Methanobacterium thermaggregans a été isolée lors d'une culture en fed-batch[9]. M. thermaggregans est alcalophile et thermophile, et a été suggérée comme une souche prometteuse pour la biométhanisation[9].
