Sa carrière est marquée par Mozart, Haydn, Beethoven et Schubert, ainsi que par la musique française. Michèle Boegner s’est produite en Europe en particulier, en tant que soliste, en récital et en musique de chambre dans différentes formations.
Sa discographie comporte une vingtaine de titres. Elle enregistre pour (Les Discophiles Français) l’Intégrale des Sonates pour piano de Mozart (2009), que la Fantaisie en ut mineur () et un récital de musique française «Trois siècles en 18 pièces pour piano», de François Couperin à Gilbert Amy (2012).