Michael Blaudzun est le fils de Verner Blaudzun, médaillé de bronze de cyclisme sur route aux Jeux olympiques de 1972. Spécialisé dans le contre-la-montre individuel, il a remporté le titre national danois en 2001, 2003 et 2005.
Après avoir remporté le championnat du Danemark sur route en 1994 alors qu'il courait pour l'équipe amateur Herning CK, il signa pour le reste de la saison 1994 en tant que stagiaire pour l'équipe professionnelle Word Perfect. Pour la saison 1995, l'équipe Word Perfect changea de sponsors pour devenir l'équipe Novell pour laquelle Michael Blaudzun courra en tant que professionnel jusqu'en 1997 au cours de laquelle l'équipe Novell deviendra l'équipe Rabobank. Il remporta quelques victoires avec la Rabobank mais, quand il signa avec l'équipe allemande Telekom en 1998, il se contenta de nombreuses places d'honneur.
Pour la saison 1999, il signa chez l'équipe danoise Team home - Jack & Jones (qui deviendra l'équipe CSC) construite à partir de l'ancienne équipe de Blaudzun, Herning CK. Il participa au premier Tour de France de l'histoire de l'équipe CSC en 2000 mais il quitta la course après la 12e étape. Il participera à deux autres Tour de France en 2001 et 2003.
