Michael K. Young devient ensuite professeur et administrateur à l'Université Columbia de 1994 à 1998, puis à l'Université George-Washington de 1998 à 2004[3]. Ses postes universitaires pendant cette période comprennent celui de professeur Fuyo de droit japonais et d'institutions juridiques et de directeur du Centre d'études juridiques japonaises à Columbia, et celui de doyen et professeur Lobingier de droit comparé et de jurisprudence à la faculté de droit de l'Université George Washington[5].
Michael K. Young siège également de 1998 à 2005 à la Commission des États-Unis sur la liberté religieuse internationale (USCIRF), une agence indépendante et bipartite. Cette Commission a été créée «pour surveiller le statut de la liberté de pensée, de conscience et de religion ou de croyance à l'étranger et pour donner des recommandations de politiques au président, au Secrétaire d’État et au Congrès». Young est deux fois président de la Commission, en 2001-2002 et 2003-2004[5],[8],[3].
Il annonce son intention de se retirer de la présidence de l'Université A&M du Texas le , avec effet en [10]. En novembre, il annonce finalement que sa démission prendra effet plus tôt, le . Il fait part de son désir de rejoindre rapidement la Bush School of Government and Public Service. Il y devient le premier directeur de l’Institute for Religious Liberties and International Affairs, où il utilise son expertise, cultivée aussi bien au service de l’administration Bush que, pendant huit ans, à la Commission des États-Unis sur la liberté religieuse internationale[11].
Il épouse en 1972 Suzan Stewart, une ancienne élève de BYU, qu'il a rencontrée pendant sa première année alors qu'il sortait avec sa colocataire. Ils sont les parents de trois enfants[13]. Ils divorcent en 2010.
(en) Jon Marmor, «The Challenge of a Lifetime», Columns Magazine: The University of Washington Alumni Magazine, Seattle, WA, The University of Washington Alumni Association, vol.30, no6, , p.24–27 (lire en ligne[PDF], consulté le )
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