Il est né en à Maryville, dans le Kansas[1],[2]. De son enfance passée dans le Kansas, Michael McClure retient une forte attirance pour les thèmes de la nature, de l'animalité, de la notion d'organisme vivant (il se destine initialement au métier de naturaliste). Il remarque dans Scratch The Beat Surface: «L'humain qui refuse d'admettre qu'il est d'abord un animal est moins qu'un animal.»
Il étudie à l'université municipale de Wichita, de 1951 à 1953, puis à l'université d'Arizona de 1953 à 1954, et au San Francisco State College (ou il obtient une licence en 1955)[3],[4]. Lecteur de James Joyce, de T.S. Eliot, d'Ezra Pound, et d'abord attiré par la versification classique, Michael Mc Clure rencontre Allen Ginsberg, pendant ses années d'université à San Francisco.
Leur amitié, d'abord fondée sur leurs différences de vues à propos de William Blake, se renforce après une lecture commune de poèmes tenue en 1955 à la Six Gallery[2],[5], à laquelle participent, outre Ginsberg et McClure, Gary Snyder, Philip Whalen et Lawrence Ferlinghetti. Cette lecture publique est souvent considérée comme le début d'un type de littérature dite «beat», où dominent le sentiment d'une humanité destructrice de son propre environnement, l'angoisse de la perte du sens dans les sociétés technicistes, le choix d'une vie errante et la déstructuration du langage «normal» au profit des qualités musicales et rythmiques de la langue. En y présentant son poème For the Death of a Hundred Whales, un texte qui rappelle un massacre perpétré par des soldats américains s'ennuyant stationnés dans une base de l'OTAN en Islande, McClure met en exergue sa principale préoccupation, la conscience animale chez l'homme, en partie perdue de par l'industrialisation de la société[2].
Son premier livre, Passage, publié en 1956, témoignagne de sa conviction que le mouvement Beat, né sous l'impulsion de Jack Kerouac et Allen Ginsberg, constitue «l'aile littéraire» du mouvement écologiste. Au cours de la décennie suivante, McClure accompagne la transition du mouvement Beats vers le mouvement hippie. En , McClure accepte de rencontrer, par l'intermédiaire d'une amie commune, le «frontman» de The Doors, Jim Morrison. Le chanteur admire le «beat poet» depuis ses années de lycée mais, entre les deux hommes, le courant passe difficilement. Néanmoins, leur passion commune de la poésie les rapproche et McClure encourage Jim Morrison à publier ses poèmes.
Cette rencontre constitue également l'occasion pour Michael McClure de rencontrer les autres membres du groupe The Doors, en particulier l'organiste Ray Manzarek avec qui il se lie d'amitié. Dans les années 1990 et 2000, jusqu'en 2013, McClure et Manzarek collaborent et présentent des spectacles où la virtuosité d'improvisation de l'organiste sert la lecture de ses œuvres par le poète[6].
Il publie une trentaine de recueils de poésie, de pièces de théâtre et d'anthologies[5]. En 1976, il fait partie des artistes s'exprimant lors du dernier concert de The Band, (The Last Waltz)[5]. Il meurt le à Oakland (Californie), des suites d'un accident vasculaire cérébral de l'année précédente[2],[5],[7].
