Microbiologie alimentaire
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La microbiologie alimentaire est l'étude des micro-organismes présents dans l'aliment, contaminant l'aliment ou ajoutés à l'aliment.
La microbiologie alimentaire étudie ces différents microorganismes pour s'assurer de l'absence de pathogènes, comprendre l'origine de la présence ou de la contamination de microorganismes indésirables risquant de détériorer l'aliment, suivre les microorganismes ajoutés. Ceux-ci sont essentiels à la fabrication des fromages, du yaourt, du pain, de la bière, du vin et d'autres aliments fermentés. Ce sont, entre autres, des bactéries lactiques, des levures (Saccharomyces) et souvent des probiotiques.
Des techniques particulières sont utilisées pour ces études microbiologiques[1].
La sûreté ou sécurité sanitaire des aliments est un axe majeur de la microbiologie alimentaire. Le terme sûreté est plus juste car sécurité est réservé à la quantité d'aliments nécessaire à la vie d'un individu.
Les bactéries pathogènes, virus, champignons et les toxines produites par des microorganismes sont indésirables dans les produits alimentaires car ils peuvent déclencher des intoxications alimentaires (intoxinations, infections) appelées TIA (Toxi-infections alimentaires) ou TIAC (TIA collectives). Certains microorganismes peuvent aussi être utilisés pour combattre ces microbes pathogènes : c'est par exemple le cas des bactéries lactiques avec l'acidité produite par fermentation lactique.
Des bactéries produisant des bactériocines, peuvent tuer et inhiber des pathogènes. Par ailleurs, des bactériocines purifiées telles que la nisine peuvent être directement ajoutés à des produits alimentaires.
La sûreté alimentaire est assurée avant tout en utilisant des matières premières saines, des procédés éliminant les indésirables (cuisson, pasteurisation stérilisation), des techniques de fabrication rigoureuses pour éviter la contamination par les opérateurs. Le suivi microbiologique et éventuellement des analyses terminales permettent de limiter les risques.
Transformation de l'aliment par fermentation
La fermentation est une méthode utilisée pour conserver des aliments et en modifier les propriétés. La levure, et tout particulièrement Saccharomyces cerevisiae, est utilisée pour faire lever le pain, brasser la bière et faire du vin. Certaines bactéries, notamment des bactéries lactiques, sont utilisées pour confectionner le yaourt, certains fromages, certaines sauces piquantes, les cornichons, les saucisses fermentées et des plats tels que le kimchi. Un point commun de ces différentes fermentations est que l'aliment est un terrain d'accueil moins favorable pour des micro-organismes concurrents, en particulier des pathogènes et microorganismes à l'origine de la détérioration des aliments, ce qui en accroît la durée de vie. Certains types de fromage requièrent aussi des moisissures pendant l'affinage pour développer leur goût caractéristique. Les viandes sont souvent maturées au froid, des microorganismes assurant des transformations de la viande.
Dans le cas des moisissures et des bactéries acétiques du vinaigre on ne peut pas parler de fermentations car ces microorganismes respirent en utilisant donc du d'oxygène. D'ailleurs, remarquer que l'on pique les fromages bleus pour que l'air pénètre dans le fromage où les moisissures (Penicillium roquefortii) se développent.
