Rizzo passe aux Nationals de Washington le alors qu'il est nommé assistant directeur général et vice-président des opérations baseball[2]. Il est l'adjoint de Jim Bowden. Lorsque ce dernier démissionne le , Rizzo hérite de son poste sur une base intérimaire[3]. Le , il est confirmé dans ses fonctions de vice-président et directeur gérant et obtient un contrat de cinq années[3].