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Le ministère de l'Agriculture et du Commerce fut originellement créé le , d'abord au sein du Grand Conseil d'État(太政官, Dajōkan?) puis sous la constitution Meiji. Il combinait le département de l'Agriculture, des Forêts, de l'Histoire naturelle et de l'Entretien des stations relais qui était alors directement sous l'autorité du premier ministre avec le département du Commerce sous l'autorité du Ministère des Finances.
Le , le ministère de l'Agriculture et du Commerce fut divisé entre le ministère de l'Agriculture et des Forêts et le ministère du Commerce et de l'Industrie. Cette division fut le résultat de l'opposition de longue date au sein du ministère entre la partie "Commerce", qui cherchait à ouvrir le pays à l'étranger, et la partie protectionniste "Agriculture" qui cherchait à interdire les importations de produits alimentaires, en particulier de riz.
En 1934, le ministère du Commerce se départit de ses activités de sidérurgie, ce qui mena à la formation de la Nippon Steel Corporation. Après le déclenchement de la guerre sino-japonaise (1937-1945), le ministère du Commerce vit son rôle changer du développement du commerce à la mise en place de restrictions du commerce et à la gestion des programmes de rationnement.
