Classer les flamants et les grèbes s'est avéré problématique. Les flamants ont été classés parmi de nombreuses branches des Néognathes, comme les canards et les cigognes. Les grèbes ont été classés parmi les plongeons. Ce sont les études génomiques qui ont établi que ce sont des groupes frères[3],[5],[6],[4],[7],[8],[9]. Les phoenicopteriformes primitifs étaient comme les grèbes des oiseaux inféodés à l'eau, indiquant que le clade des mirandornithes a évolué à partir d'ancêtres aquatiques, probablement nageurs[4].
Certains auteurs ont utilisé d'autres noms pour Mirandornithes, tels que Phoenicopterimorphae, ou ont inclus les Podicipedidae dans la famille des Phoenicopteriformes. D'autres auteurs n'utilisent pas couramment ces options et préfèrent Mirandornithes. L'arbre phylogénétique suivant représente Mirandornithes tel que redécouvert par Torres et ses collègues en 2015[10] :
S'il est maintenant bien établi que les flamants et les grèbes sont des groupes frères, le positionnement phylogénétique du clade des Mirandornithes est moins clair. Mayr (2004) a mené une analyse morphologique sur les familles actuelles. Dans son article, il a établi que les Mirandornithes, alors non nommés, appartenaient à un clade incluant également les plongeons et les manchots, les plongeons étant le groupe frère[4]. Cependant, depuis 2004, cette classification n'a plus été confirmée. Avec l'avènement de la recherche en génétique nucléaire et mitochondriale, le positionnement des Mirandornithes dans l'arbre phylogénétique des néoaves a été modifié à plusieurs reprises. Les classifications les plus fréquentes placent ce clade soit comme la branche basale des Neoaves[11],[12],[13], soit comme le taxon frère des Columbimorphae au sein d'un clade appelé Columbea[3],[14],[15]. Une troisième option, la seule qui ait constamment concordé entre les études morphologiques et moléculaires sur le positionnement du clade, est une possible relation de groupe frère avec les Charadriiformes[16].
