Après le renversement du président de la République Ibrahim Boubacar Keïta et de son gouvernement lors du coup d'État de 2020 au Mali, est nommé Premier ministre de transition le . Il prend ses fonctions le lendemain[6],[7]. Initialement attendu pour le , le gouvernement est finalement formé le [8].
Le , Moctar Ouane présente la démission du gouvernement. Il est chargé le jour même de former un nouveau cabinet plus inclusif[9]. Le gouvernement Moctar Ouane II est présenté le . Celui-ci se caractérise par la mise à l'écart de certains membres de l'ex-CNSP, Bah N’Daw et le Premier ministre sont interpelés puis conduits sous escorte militaire à Kati peu après[10],[11]. Le lendemain, le colonel Assimi Goïta annonce avoir «démis de leurs prérogative» le président et le Premier ministre, qu’il accuse de «sabotage» de la transition; il leur reproche d'avoir formé un nouveau gouvernement sans se concerter avec lui alors que la charte de la transition lui confère un droit de regard sur le choix des ministres de la Défense et de la Sécurité, des portefeuilles qui étaient détenus par ses alliés Camara et Koné[12],[13]. Le , Moctar Ouane annonce au médiateur de la CEDEAO, l'ancien président nigérian Goodluck Jonathan, qu'il a démissionné[14]. Il est libéré dans la foulée[15].
En , la Cour de justice de la Communauté économique des États d'Afrique de l'Ouest (CEDEAO) demande aux autorités maliennes de lui justifier la résidence surveillée de Moctar Ouane et Bah Ndaw, privés de liberté depuis le [16].
Moctar Ouane et Bah N’Daw sont finalement libérés de leurs résidences surveillées le [17]. Ouane se retire alors de la vie politique[18].
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