La date de fondation du monastère n'est pas connue avec certitude[1]. Les archives, les inscriptions et l'architecture donnent des informations contradictoires. Cependant des fondations anciennes comprenant six cellules monastiques réunies par deux salles plus grandes ayant probablement servi de chapelle à double nef, le tout creusé dans la falaise, sont complétées du côté ouvert par un plafond voûté et un mur épais. Ces vestiges sont datables du Ve ou VIe siècle et d'autres de la période des Croisades. Il est certain que Saint-Élie, comme la plupart des monastères de la région, a été refondé à l'époque ottomane après une longue période d'abandon. Les documents les plus anciens trouvés au monastère évoquent l'achat de terres en l'an 1004 dans le calendrier islamique, c'est-à-dire en 1595 ou 1596. L'historien Edmond Blaybel estime que le monastère a été construit en 1612 sur une parcelle appartenant au prêtre Boutros al-Klink[2].
En 1728, le monastère accueille le voyageur russe Basile Grigorovitch-Barsky. De ses écrits à propos du monastère, l'on apprend qu'il était plutôt petit (5 ou 6 moines) et modeste. Les moines y travaillaient la sériciculture, la culture maraîchère et la viticulture. En outre, les moines respectaient parfaitement la clôture monastique selon Grigorovitch-Barsky[3]. En 1749, il est définitivement attribué aux grecs-orthodoxes (après une période trouble due aux divergences entre grecs-catholiques et grecs-orthodoxes) et en 1760 il est reconstruit après un tremblement de terre catastrophique.
Dans les années 1840, l'archimandrite Porphyre se rend à Saint-Élie et y trouve huit moines[4], nombre qui reste stable jusqu'à la fin du XIXe siècle. C'est à cette époque que le diplomate russe Constantin Basili s'y rend et termine sa monographie intitulée La Syrie et la Palestine sous la domination turque[5]. Pendant une grande partie du XIXe siècle jusqu'aux années 1970, le monastère a abrité une école renommée pour les garçons de la région.
Au milieu du XIXe siècle, Ech-Chouveïr devient un lieu prisé des familles chrétiennes, ainsi que des étrangers pour passer l'été plus au frais en montagne. Après les massacres des chrétiens de Damas en 1860 et la destruction et le saccage de la résidence du patriarche, Saint-Élie devient la résidence du patriarche d'Antioche, Hiérothée [6].
Les orientalistes russes Agaphanguel Krimski en 1897 et Ignati Kratchkovski en 1908 en laissent de pittoresques descriptions, dépeignant les cérémonies et les promenades des gens autour du monastère pour la fête de la Saint-Élie[1].
Verd 1910, il est question entre la Russie et le patriarcat d'Antioche de donner le monastère à des moines russes du Mont Athos[7]. La déclaration de guerre de l'Empire ottoman à l'Empire russe en 1915 et la révolution de 1917 interrompent les tractations.
Au cours du XXe siècle, le monastère s'agrandit, la dernière fois en 1997. Pendant la guerre civile libanaise (1975-1990), il est à plusieurs reprises la cible de l'artillerie lourde des milices islamiques.
Liban
