Morains est attesté sous les formes Moreins (1171) ; Morains (1172) ; Morain (vers 1220) ; Mourains (vers 1252) ; Maurains (vers 1700) ; Petit-Morains (XXVIIIe siècle) ; Morains-le-Petit (1834)[2].
Morains en 1179, toponyme issu de du germanique moor « marais » et désinence du cas régime -ain[3].