Il dirige cependant le service de renseignement à peine plus d'un an, car le nouveau président islamiste Mohamed Morsi le révoque en à la suite de l'attaque du passage de Rafah, qui a coûté la vie à seize gardes-frontières égyptiens. Accusé de rétention d'information à propos des alertes précises transmises par les Israéliens, Mouafi est mis à la retraite d'office. Pourtant, selon Mouafi, les autorités compétentes auraient été correctement informées par ses services[1]. En réalité, le limogeage de Mouafi, suivi de celui des chefs du CSFA (le maréchal Tantaoui et le général Sami Enan), reflète la volonté de Morsi de mettre au pas les autorités militaires issues de l'ère Moubarak[5].
Après le coup d’État de 2013 et la chute de Morsi, Mouafi envisage un temps de se présenter à l'élection présidentielle (obtenant, à cette fin, 16 000 signatures sur les 25 000 nécessaires)[2] avant de se ranger derrière la candidature du maréchal Al-Sissi. Après la victoire de ce dernier, Mouafi est chargé, conjointement avec Amr Moussa, de négocier avec différents partis politiques la formation d'une alliance électorale pro-Sissi, la coalition Wafd, en vue des prochaines élections législatives[6].
