Mrlínek se trouve à 26 km au nord-est de Kroměříž, à 23 km au nord de Zlín, à 82 km à l'est-nord-est de Brno et à 244 km à l'est-sud-est de Prague[2].
La commune est limitée par Vítonice au nord, par Loukov à l'est, par Chvalčov au sud-est et par Bystřice pod Hostýnem au sud et à l'ouest[3].
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