Le Musée du Mémorial de l'Indépendance est situé sur l'avenue Robert Mugabe, entre deux bâtiments de la période coloniale allemande : la Christuskirche et la citadelle coloniale d'Alte Feste. Le musée se dresse sur une petite pente entre les deux structures et, selon l'historien Reihard Kossler, il a fragmenté l'ensemble des monuments allemands de Windhoek[6]. Contrastant fortement avec le style architectural colonial allemand des bâtiments historiques existants, le Musée du Mémorial de l'Indépendance est construit dans le style réaliste socialiste nord-coréen, symbole de l'« État moderniste postcolonial »[7].
Le musée se compose d'une structure triangulaire en verre de cinq étages, conçue avec quatre murs égaux de 40 mètres atteignant une hauteur d'au moins 40 mètres. Il dispose d'un ascenseur vitré à l'avant.
Une statue de bronze de style nord-coréen commémorant Sam Nujoma occupe une place de choix à l'avant du musée. Nujoma, tourné vers Windhoek, tient un exemplaire du Livre des Circonscriptions, la constitution de la Namibie. Elle se trouve à l'emplacement de la statue équestre du Reiterdenkmal[8],[9], qui se dressa sur la colline pendant 102 ans. Cette statue a suscité la controverse après l'indépendance de la Namibie ; certains habitants la considéraient comme un symbole de l'oppression coloniale[8],[10]. D'autres, principalement issus de la communauté germanophone de Namibie, considéraient toute modification de la statue comme une violation du Namibian Heritage Act de 2004[11], qui définit les procédures de protection des sites du patrimoine national en Namibie[12]. La statue du Reiterdenkmal a été retirée en 2013 et se trouve désormais dans la cour du musée Alte Feste[8].
Le Mémorial du génocide se trouve au sud de la statue de Nujoma. Il illustre les « difficultés et souffrances indicibles » infligées par la Schutztruppe, les troupes de l'empire colonial allemand pendant la guerre de 1904-1907. La statue représente un homme et une femme enlacés, symbole de liberté. Le couple se tient debout sur une reproduction d'une résidence traditionnelle namibienne. Le socle en briques de béton du mémorial porte l'inscription « Their Blood Waters Our Freedom » en lettres noires en relief[8].
Le premier étage, intitulé « Répression coloniale », commémore les premiers chefs de la résistance namibienne et la chronologie du pays sous domination sud-africaine. Le deuxième étage, intitulé « Libération », commémore la guerre frontalière sud-africaine et le rôle de l'Armée populaire de libération de la Namibie (PLAN) durant ce conflit. Le troisième étage, intitulé « La voie vers l'indépendance », détaille les activités de la SWAPO et la résolution 435 du Conseil de sécurité des Nations unies, et comprend une plateforme d'observation donnant sur la salle panoramique du musée[8].
Le dernier étage (quatrième étage), accessible aux visiteurs, abrite un restaurant, le NIMMS (National Independence Memorial Museum), d'où l'on a une vue imprenable sur la ville. Le restaurant présente un large éventail de la culture namibienne, notamment des ornements, des vêtements et des livres. Certains de ces objets sont à vendre.