Wagner effectue 36 sorties en relève pour les Jays en 2013 et maintient une bonne moyenne de points mérités de 3,79 en 38 manches lancées. Gagnant de deux parties contre 4 défaites, il remporte sa première victoire dans les majeures le sur les Rangers du Texas[6].
En 2014, il est libéré par Toronto en septembre. En 10 parties jouées et 10 manches lancées pour les Jays en avril et mai, sa moyenne s'élève à 8,10 points mérités accordés par partie.