En , Nejc Peterlin devient quadruple champion de Slovénie sur piste dans les rangs juniors. En , il est sacré triple champion national sur piste chez les élites, alors qu'il n'a pas encore dix-huit ans[1]. La même année, il s'octroie la médaille de bronze dans la course scratch aux championnats du monde juniors[2]. Il obtient également de bons résultats sur route en terminant deuxième d'une étape de la Guido Reybrouck Classic, ou encore troisième du championnat de Slovénie du contre-la-montre juniors.
Pour ses débuts espoirs, il intègre l'équipe continentale Adria Mobil en 2025. Toujours actif dans les vélodromes, il remporte les titres dans la vitesse par équipes, la course aux points, l'américaine et l'omnium aux championnats de Slovénie sur piste, qui ont lieu à Novo mesto. Lors des championnats d'Europe, il se classe dixième de la course aux points[3].