Nextstrain
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Nextstrain est une collaboration entre des chercheurs de Seattle, aux États-Unis[1] et de Bâle, en Suisse[2] qui fournit une collection d'outils open source pour visualiser la génétique impliquée dans la propagation des épidémies virales[3].
Son objectif est de soutenir les mesures de santé publique et la surveillance en facilitant la compréhension de la propagation et de l'évolution des agents pathogènes. La plateforme Nextstrain a été lancée en 2015[2]. Le code développé par Nextstrain est rendu accessible au public, via, par exemple, github.com et ses données sont disponibles et consultables sous une forme accessible via les pages du site Web[4].
Applications
Selon leur site Web, l'équipe Nextstrain maintient une analyse génomique à jour de chacun des agents pathogènes suivants[5] :
- Grippe aviaire,
- Dengue,
- Entérovirus D68,
- Rougeole,
- Oreillons,
- SARS-CoV-2,
- Grippe saisonnière,
- Tuberculose,
- Virus du Nil occidental,
- Épidémie de maladie à virus Ebola en Afrique de l'Ouest,
- Virus Zika.
Pandémie de Covid-19
Nextstrain et ses résultats ont été largement cités pendant la pandémie de Covid-19[6],[7].
Prix
En mai 2020, Nextstrain et Trevor Bedford (professeur agrégé, Fred Hutchinson Cancer Research Center)[8] ont reçu un Webby Special Achievement Award pour l'outil Web[9].
