Nikola Eterović est ordonné prêtre le par Celestin Bezmalinović (de). Le , il rejoint le service diplomatique du Saint-Siège, il travaille dans les nonciatures apostoliques de la Côte d'Ivoire, d'Espagne et du Nicaragua (en). Le il est promu chapelain de Sa Sainteté et prélat d'honneur de Sa Sainteté le [1]. Le pape Jean-Paul II le nomme archevêque titulaire de Siscia (de) et nonce apostolique en Ukraine (en) le , il est consacré le en la basilique Saint-Pierre de Rome par le cardinal secrétaire d’État Angelo Sodano, assisté des évêques Ante Jurić (de), archevêque de Split, et Slobodan Štambuk (en), évêque d'Hvar (it). Le , il est nommé Secrétaire général du Synode des évêques, et le , en raison de la création du diocèse réel de Sisak (de), Eterović est nommé archevêque titulaire de Cibalæ (de).
Il est nommé nonce apostolique en Allemagne le . Ayant atteint la limite d'âge de 75 ans, il quitte cette fonction le [2].