Né dans le domaine de Satsuma, Nire est issu d'une famille de samouraïs. Lui-même samouraï dans sa jeunesse, il participe à la guerre anglo-Satsuma. En 1867, sur ordre de son clan, il part étudier aux États-Unis. Après la restauration de Meiji de 1868, il rejoint le nouveau gouvernement de Meiji et sert à divers postes administratifs sur les affaires maritimes. Il est membre d'équipage de la frégate Kasuga(en) de à .
Nire est nommé capitaine en . De à , il est attaché naval à Busan en Corée. D' à , il est commandant de l'Académie navale impériale du Japon. Promu contre-amiral le , il est ensuite commandant de l'Académie d'ingénieurs navals et du bureau des affaires navales. Le , il reçoit le titre de vicomte (shishaku) selon le système de noblesse kazoku.
Du au , Nire sert comme ministre de la Marine dans le 2egouvernement du Premier ministreItō Hirobumi et fait des efforts pour augmenter le budget naval et construire une marine puissante car il pense qu'il y a une grande possibilité d'une future guerre avec la Chine.
Nire entre dans la réserve en 1893. Il sert ensuite au conseil privé et meurt en 1900. Sa tombe se trouve au cimetière d'Aoyama à Tokyo. Sa fille Haruko est la femme du Premier ministre Saitō Makoto. Son fils, Nire Kageo, est un célèbre entomologiste qui écrit de nombreux textes scientifiques sur les insectes de la péninsule coréenne et de Taïwan.
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