Saitō est encore vice-ministre de la Marine lors qu'éclate la guerre russo-japonaise (1904-1905). Il est promu vice amiral le . Il reçoit l'ordre du Soleil levant (1reclasse) en 1906. Après la fin de la guerre, il devient ministre de la Marine pour 6 ans de 1906 à 1914, période durant laquelle il s'efforce de favoriser l'expansion de la marine.
Le , Saitō est anobli du titre de baron (danshaku) sous le système de noblesse kazoku. Le , il est promu amiral. Cependant, le , il est forcé de démissionner de sa fonction de ministre de la Marine à cause de son implication dans le scandale Siemens et entre officiellement dans les réserves.
En 1919, il devient le troisième gouverneur-général de Corée, une nomination qui tombait juste après le soulèvement du 1er Mars, et il mit en œuvre une série de mesures visant à modérer la politique japonaise. Il fut gouverneur-général deux fois (de 1919 à 1927 et de 1929 à 1931). Il reçut l'ordre des fleurs de Paulownia en 1924. Le , il est élevé au titre de vicomte (shishaku).
Après l'assassinat du Premier ministreInukai Tsuyoshi le par des officiers de la marine qui pensaient qu'Inukai avaient une attitude trop conciliante (incident du 15 mai), le prince Saionji Kinmochi, l'un des plus proches et influents conseillers de l'empereur, tente d'arrêter la prise de contrôle du gouvernement par les militaires. Par compromis, Saitō est choisi pour succéder à Inukai. Sadao Araki reste ministre de la Guerre et commence à faire des demandes au nouveau gouvernement. Durant le mandat de Saitō, le Japon reconnait l'indépendance du Mandchoukouo et se retire de la Société des Nations.
Le gouvernement de Saitō est l'un des durables de la période de l'entre-guerre. Il prend fin le quand ses membres démissionnent en masse à cause de l'incident de Teijin, un scandale de corruption. Keisuke Okada succède à Saitō à la fonction de premier ministre.
Saitō continue à être une figure importante de la politique en devenant le gardien du sceau privé du Japon le mais il est assassiné en 1936 durant l'incident du 26 février à son domicile de Yotsuya à Tokyo. Takahashi Korekiyo, son prédécesseur au poste de premier ministre, est abattu le même jour avec plusieurs autres homme politique de haut rang.
