Les prédictions de Diem et Ely se sont avérées extrêmement inexactes. De violents combats avaient eu lieu dans le nord du Vietnam, où le Vietminh était le plus puissant, et de nombreuses personnes avaient été contraintes de fuir leurs foyers. Bien que des organisations caritatives françaises fussent présentes dans le nord, les camps de réfugiés étaient désorganisés et ne pouvaient offrir guère plus qu'un abri. De ce fait, un grand nombre de Nord-Vietnamiens souhaitaient partir et refaire leur vie dans le sud[2].
Les Français entamèrent l'évacuation en partant du principe que peu de personnes souhaiteraient se diriger vers le sud. À mesure que l'information sur le programme de migration se répandait dans le nord contrôlé par les communistes, des milliers de demandeurs d'asile, majoritairement catholiques du nord, affluèrent vers la capitale, Hanoï, et le port de Haiphong, tous deux encore sous contrôle français. Cette situation engendra anarchie et confusion, les émigrants se disputant les rares abris, la nourriture, les médicaments et les places à bord des navires et des avions à destination du sud. Début août, plus de 200 000 personnes évacuées attendaient à Hanoï et à Haiphong[7]. Dans un premier temps, les camps improvisés souffraient d'installations sanitaires et d'un contrôle de la qualité de l'eau insuffisants, ce qui favorisait les épidémies. Certains représentants américains déclarèrent qu'il s'agissait des pires conditions qu'ils aient jamais vues : les égouts à ciel ouvert, jonchés d'excréments humains et fréquentés par des rongeurs, de la vermine et des mouches, étaient monnaie courante[2]. Les conditions restèrent déplorables et chaotiques une fois l'évacuation pleinement lancée, et ne s'améliorèrent sensiblement qu'un mois plus tard. Il n'y avait aucune infrastructure d'organisation en ce qui concerne l'enregistrement ou les dossiers médicaux et la vaccination des évacués en attente. Les communistes ont donc envoyé leurs activistes de propagande à travers les camps et ont déclaré que le manque d'organisation prouvait que la vie des réfugiés potentiels serait encore pire dans le sud, où ils seraient complètement sous le contrôle du Sud-Vietnam[2].
La Marine et l'Armée de l'Air françaises, affaiblies par la Seconde Guerre mondiale, se trouvèrent incapables de gérer l'afflux inattendu de réfugiés. Cette situation fut aggravée par leur refus d'autoriser les civils évacués à voyager en train depuis les districts périphériques vers Hanoï et Haiphong, leur priorité étant l'évacuation de leur personnel et de leur matériel militaires. La France sollicita l'aide de Washington, et le Département de la Défense américain ordonna à la Marine américaine de mobiliser une force d'évacuation[7].
Le gouvernement américain voyait dans cette évacuation une occasion d'affaiblir les communistes en subvenant aux besoins des réfugiés et en s'assurant ainsi leur loyauté envers la cause anticommuniste. L'opération Mission américaine proposait qu'outre l'aide à l'évacuation des réfugiés vers le sud, et par conséquent la réduction des effectifs communistes, les Américains fournissent gratuitement des soins de santé, un abri, de la nourriture et des vêtements afin d'aider les anticommunistes à gagner la fidélité de leurs compatriotes[2].
En conséquence, la Task Force 90 (CTF-90) fut créée sous le commandement du contre-amiral Lorenzo Sabin. Des militaires américains rénovèrent et transformèrent des cargos et des porte-chars pour y loger les milliers de Vietnamiens qui allaient y être évacués. Les réparations étaient souvent effectuées en route vers Haiphong depuis leurs bases de la baie de Subic, aux Philippines[2]. Sabin n'avait aucune expérience préalable en matière humanitaire et, avec son état-major, il rédigea l'Ordre d'opération 2-54 – le document de 114 pages définissant le cadre stratégique de l'opération – en l'espace d'une semaine, durant leur traversée du Japon au Vietnam[7].
Le premier navire américain à participer à l'évacuation massive fut le Menard, qui quitta Haiphong le 17 août. Il transporta 1 924 réfugiés pour un voyage de 1 600 kilomètres, soit trois jours de navigation, jusqu'à la capitale du Sud[4]. À ce moment-là, 132 000 personnes étaient déjà enregistrées dans les zones d'attente, bien que très peu possédaient une pièce d'identité. De ce fait, il faudrait accomplir davantage de travail pour identifier leurs besoins une fois arrivées dans le sud. Le Montrose suivit le lendemain, avec 2 100 passagers. Ces deux navires avaient été initialement construits comme transports d'assaut. En août, la politique américaine fut assouplie afin que le personnel militaire vietnamien et français puisse également être évacué à la discrétion de la CTF-90 et du Groupe consultatif en chef pour l'assistance militaire (CHMAAG). Pour faire face à l'augmentation du trafic maritime vers le sud, le CHMAAG établit un site de débarquement pour les réfugiés à Vũng Tàu, un port côtier à l'embouchure du fleuve Saigon. Ce site permit de désengorger les camps de réfugiés de Saigon et de fluidifier le trafic fluvial. Un typhon frappa la région de Haiphong, détruisant près de la moitié de la zone de regroupement des réfugiés. Malgré les difficultés, le 3 septembre, la marine américaine avait évacué 47 000 Nord-Vietnamiens après seulement deux semaines d'opérations. Ce rythme d'évacuation rapide incita le gouvernement sud-vietnamien à limiter à un seul convoi par jour, transportant au maximum 2 500 passagers, l'arrivée à Saïgon ou Vũng Tàu, et ce jusqu'au 25 septembre. La pression démographique au Sud diminua avec la baisse du nombre d'arrivées, due aux campagnes de propagande du Viet Minh et aux détentions forcées, ainsi qu'à la saison des récoltes de riz, qui avait incité certains à retarder leur départ. Certains attendaient même de finaliser leurs transactions commerciales avant de partir pour le Nouvel An lunaire. Le 10 octobre, le Viet Minh prit le contrôle total d'Hanoï et ferma un point d'évacuation pour ceux qui souhaitaient quitter le pays. D'autres décidèrent de rester pour observer le traitement réservé aux habitants d'Hanoï par le Viet Minh avant de décider de quitter ou non leurs terres ancestrales[7]. Le 20 octobre, les autorités françaises qui contrôlaient encore les ports décidèrent d'exempter les navires américains des droits d'amarrage pour l'évacuation. Face à la forte demande, les navires de la marine durent naviguer rapidement ; un navire effectua un aller-retour en un temps record de six jours seulement. Le record du plus grand nombre de passagers transportés en un seul voyage fut établi par l'USS General Black, qui appareilla le 29 octobre avec 5 224 Vietnamiens à son bord. En novembre, l'évacuation fut de nouveau entravée par un typhon, tandis que tout l'équipage d'un navire américain fut décimé par une épidémie de gale. En décembre, en raison de l'obstruction du Viet Minh, qui empêchait les populations rurales et régionales de se rendre à Hanoï et à Haiphong pour émigrer, la Marine nationale française envoya des navires stationner au large de la ville de Vinh afin d'évacuer les réfugiés[2].
Selon la COMIGAL, l'agence gouvernementale sud-vietnamienne chargée des migrations, les avions français ont effectué 4 280 voyages, transportant un total de 213 635 réfugiés. Au total, 555 037 passagers ont été enregistrés lors de 505 traversées maritimes. La Marine française a assuré la grande majorité des évacuations par voie maritime, avec 388 voyages, tandis que la Marine américaine en a effectué 109. Les navires britanniques, taïwanais et polonais ont effectué respectivement deux, deux et quatre voyages. Les chiffres officiels indiquent qu'un total de 768 672 personnes ont migré sous contrôle militaire. Parmi elles, environ 190 000 étaient des soldats français et sud-vietnamiens ainsi que des prisonniers de guerre. Environ 43 000 personnes étaient des personnes à charge de militaires, « 15 000 à 25 000 membres de la tribu Nung qui étaient auxiliaires militaires, entre 25 000 et 40 000 citoyens français et environ 45 000 résidents chinois »[3]. Ce chiffre comprenait également plusieurs milliers de personnes ayant travaillé pour les administrations française et vietnamienne au Nord. Les chiffres officiels indiquent que plus de 109 000 personnes ont rejoint le Sud par leurs propres moyens, certaines arrivant après la période de 300 jours. Ces personnes traversaient généralement le fleuve qui séparait les deux zones sur des radeaux de fortune, naviguaient sur des embarcations improvisées jusqu’à un port du Sud ou traversaient le Laos à pied. En 1957, le gouvernement sud-vietnamien recensait un total de 928 152 réfugiés, dont 98,3 % étaient d’origine vietnamienne. Le rapport de 1957 indiquait que 85 % des personnes déplacées vivaient de l'agriculture ou de la pêche et que 85 % étaient catholiques, le reste étant bouddhiste ou protestant[4]. Cependant, un rapport gouvernemental d'octobre 1955 affirmait que 76,3 % étaient catholiques, 23,5 % bouddhistes et 0,2 % protestants[9]. En 1959, le directeur du COMIGAL, Bui Van Luong, admit que le nombre réel de réfugiés pourrait avoir été aussi bas que 600 000. Les données officielles excluaient environ 120 000 militaires anticommunistes et affirmaient que seulement 4 358 personnes avaient migré vers le nord, un chiffre que les historiens jugent peu crédible. Cette migration vers le nord était attribuée à des travailleurs itinérants des plantations d'hévéas qui retournaient dans le nord pour des raisons familiales[4].
Une étude indépendante menée par l'historien français Bernard B. Fall a établi que la marine américaine a transporté environ 310 000 réfugiés. Les Français ont quant à eux transporté environ 214 000 réfugiés par avion, 270 000 par voie maritime, ainsi que 120 000 et 80 000 Vietnamiens et militaires français évacués respectivement[4]. Au cours des traversées de la marine américaine, 54 personnes sont décédées à bord et 111 bébés sont nés[2]. Fall estimait que certains passagers étaient tombés à la mer, ce qui expliquait que le nombre de décès soit largement inférieur à la réalité. Il pensait également que parmi les 109 000 réfugiés partis vers le sud par leurs propres moyens, un grand nombre avait fait de l'auto-stop sur des navires de transport français se dirigeant vers le sud et n'étant pas liés à l'opération migratoire. Fall estimait que ces chiffres étaient probablement surestimés en raison de fraudes à l'immigration. Certains réfugiés voyageaient vers le sud, s'enregistraient, puis s'embarquaient clandestinement sur des navires retournant vers le nord pour un autre chargement de personnes. Ils retournaient ensuite vers le sud et se réenregistraient pour obtenir une nouvelle aide. De même, face aux cas de villages entiers migrant vers le sud, les autorités ne recensaient généralement pas explicitement les villageois, se fiant simplement aux déclarations des chefs. Ces derniers gonflaient souvent les chiffres de population pour obtenir davantage d'aide humanitaire. Cet exode massif n'a pas perturbé le nord, principalement parce que des villages entiers émigraient, plutôt que seulement la moitié d'un village, laissant le reste de la communauté désorganisée.
Fall estimait qu'environ 120 000 soldats du Viet Minh et leurs familles avaient rejoint le nord. La plupart de ces évacuations étaient attribuées à la stratégie militaire du Viet Minh, certains soldats ayant reçu l'ordre de rester sur place en prévision de futures actions de guérilla. Le mouvement vers le nord était facilité par des navires partant des zones de rassemblement de Qui Nhơn et de Cà Mau, à l'extrême sud du Vietnam. Les traversées vers le Nord-Vietnam étaient assurées par des navires français vides retournant vers le nord pour embarquer d'autres anticommunistes se dirigeant vers le sud, ainsi que par des navires de pays communistes comme la Pologne. Le Viet Minh s'est également employé activement à cultiver les valeurs des populations autochtones montagnardes du Vietnam, dont les terres des Hauts Plateaux du Centre étaient empiétées par les colons venus du Nord. Les communistes diffusaient de la propagande par le biais d'émissions en langues tribales et infiltraient les régions montagneuses. Selon une étude du Michigan State University Group, quelque 6 000 membres des tribus ont migré vers le Nord avec les communistes, accompagnés de certains Viet Minh qui avaient adopté la culture autochtone[4].
Le plus grand nombre de réfugiés catholiques provenait des deux diocèses du nord du Vietnam comptant le plus fort pourcentage de catholiques[9]. Il s'agissait de Phát Diêm et de Bùi Chu, situés principalement dans les actuelles provinces de Ninh Bình et de Nam Định respectivement. Les évêques de ces diocèses s'étaient farouchement opposés aux communistes et avaient tous deux organisé des groupes paramilitaires catholiques qui combattaient le Viet Minh, lequel avait longtemps associé les catholiques à la collaboration coloniale. Lorsque les communistes prirent l'ascendant dans le nord, de nombreux catholiques avaient déjà commencé à se préparer à migrer vers le sud, où l'influence communiste était moindre, et d'importants mouvements de population commencèrent dès l'annonce de la partition.
Après la défaite des forces de l'Union française à Diên Biên Phu, les officiers français évacuèrent leurs troupes de Bui Chou et de Phat Diệm pour renforcer la zone entre Hanoï et Haiphong qu'ils contrôlaient encore, facilitant ainsi la progression des communistes à travers les bastions catholiques. Le retrait français ne fut pas annoncé et était censé rester secret, mais les autorités ecclésiastiques locales en eurent rapidement connaissance et la communauté catholique locale avait déjà commencé à se diriger vers les ports avant la fin des négociations à Genève. Au moment de la signature des accords, 45 000 réfugiés catholiques attendaient déjà à Hanoï, Haiphong ou Hải Dương[6]. Selon les archives de l'Église catholique, plus de 70 % des catholiques de Bui Chou et de Phat Diệm quittèrent la région, contre environ 50 % dans la plupart des autres zones. Les archives catholiques indiquent que seul un tiers des catholiques de Hanoï quittèrent la région, et qu'environ 80 % du clergé tout entier s'enfuit[9]. Dans toutes les régions, une proportion plus élevée de prêtres que de laïcs a quitté le pays, ce qui a été attribué aux sanctions plus sévères infligées par les communistes aux figures de l'opposition les plus en vue, comme les membres du clergé. Le taux de départ était également plus faible dans les régions plus éloignées des zones côtières et des ports de départ ; à Hưng Hóa, seulement 11,8 % des catholiques ont été recensés comme ayant émigré par leur diocèse. On a supposé que le faible taux de départ des habitants d'Hanoï pouvait s'expliquer par le fait que la ville avait été relativement épargnée par la décennie de combats, et que le taux de départ élevé et variable parmi les catholiques ruraux était dû à l'influence du clergé local ; les prêtres du nord du Vietnam étaient réputés pour être plus théocratiques et impliqués dans la prise de décision civique[9]. Ils utilisaient diverses méthodes pour persuader leurs fidèles d'émigrer ; Certains expliquaient leur conviction que la situation serait difficile pour ceux qui n'immigraient pas, d'autres avançaient simplement des raisons dogmatiques telles que « Dieu n'est plus ici », tandis que d'autres encore ne donnaient aucune raison et faisaient des déclarations comme « Nous partons demain », s'attendant à ce que leurs fidèles obéissent sans poser de questions. Des enquêtes menées auprès des immigrants suggéraient qu'ils se contentaient généralement de suivre la recommandation du prêtre local. Dans certaines régions, l'évêque responsable du diocèse demandait aux catholiques de rester, mais les laïcs étaient plus enclins à partir ou à rester selon la position du prêtre local avec lequel ils étaient régulièrement en contact ; dans de nombreux cas, comme à Hanoï, une majorité de prêtres ignoraient les ordres de leur évêque et partaient malgré tout[9].
La plupart des réfugiés étant catholiques, les organisations caritatives ayant le plus contribué aux efforts humanitaires des gouvernements américain et français étaient elles-mêmes catholiques. La National Catholic Welfare Conference et Catholic Relief Services ont versé plus de 35 millions de dollars (420 millions en 2025) et ont dépêché des centaines de travailleurs humanitaires au Sud-Vietnam. Des religieux américains, comme Joseph Harnett, ont passé plus d'un an à superviser la mise en place de projets humanitaires et religieux à Saïgon. Ces projets comprenaient la création et l'entretien d'orphelinats, d'hôpitaux, d'écoles et d'églises. Les bénévoles de Harnett distribuaient quotidiennement du riz et du lait chaud à 100 000 réfugiés. Des dizaines de milliers de couvertures données par les organisations catholiques américaines ont servi de lits, d'abris de fortune contre les pluies torrentielles de la mousson et de cloisons temporaires dans les camps de réfugiés. L'UNICEF a fourni une assistance technique et a contribué à la distribution de marchandises, de denrées alimentaires et de divers autres dons[7],[4].
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