Orthoebolavirus

On dénombre les espèces suivantes^[3] :

• Orthoebolavirus bombaliense (en)
• Orthoebolavirus bundibugyoense
• Orthoebolavirus restonense (en)
• Orthoebolavirus sudanense (en)
• Orthoebolavirus taiense (en)
• Orthoebolavirus zairense

Les ébolavirus ont été décrits pour la première fois à la suite des épidémies de maladie à virus Ebola (MVE) survenues au Sud-Soudan en juin 1976 et au Zaïre en août 1976^[4],[5]. Le nom « virus Ebola » provient de la rivière Ebola au Zaïre (aujourd'hui République démocratique du Congo), proche du foyer épidémique de 1976^[5]. Le préfixe Ortho- signifie « vrai » et le suffixe taxonomique -virus est la marque d'un genre viral^[6]. Ce genre est introduit en 1998 sous le nom d'Ebola-like viruses^[7],[8]. En 2002, le nom est modifié en « Ebolavirus » et en 2022, il devient Orthoebolavirus^[9]. Les ébolavirus appartiennent à la même famille que le virus de Marburg.

Le virus Ebola est un virus filamenteux enveloppé appartenant à l’ordre des Mononegavirales, qui comprend également les virus de la rage et de la rougeole^[10]. Cet ordre est caractérisé par des génomes d'ARN monocaténaire de polarité négative (ARNss) non segmentés, entourés d'une nucléocapside hélicoïdale^[11] . Les filovirus codent sept protéines différentes, dont : NP (nucléoprotéine), VP35 (composante du complexe polymérase), VP40 (protéine de matrice), GP (glycoprotéine de spicule), VP30 (activateur de transcription), VP24 (seconde protéine de matrice) et L (RdRp)^[12]. Parmi ces protéines, GP et NP sont essentielles à l'entrée et à la réplication virales^[12].

La glycoprotéine GP est responsable des différences de pathogénicité entre les ébolavirus.[17] Elle code deux glycoprotéines, dont la sGP (glycoprotéine soluble) qui joue un rôle dans la pathogenèse d'Ebola^[13],[14]. Des recherches suggèrent que la sGP est capable de détourner la réponse immunitaire de l'hôte, augmentant ainsi la pathogénicité du virus Ebola (EBOV)^[13].

La NP contient à la fois le génome filoviral et l'antigénome ^[12]. L'oligomérisation de la NP est responsable de la formation de la NC (nucléocapside hélicoïdale), qui protège le génome d'ARN simple brin (ARNss) contre la dégradation par les endonucléases et la réponse immunitaire de l'hôte^[12]. Il a également été démontré que la NP recrute des protéines de la cellule hôte pour faciliter la transcription et la réplication virales dans le cytoplasme^[12].

La taille des virus Ebola varie selon les variants. Ils présentent un noyau cylindrique de 50 à 80 nm de diamètre et de 10 à 14 μm de longueur^[15]. Les spicules du virus Ebola s'étendent sur 10 nm et sont espacés d'environ 10 nm^[16].

Trois espèces de chauves-souris frugivores s'avèrent être des hôtes asymptomatiques de virus Ebola, ce qui suggère qu'elles pourraient être les principaux réservoirs naturels du virus^[17]. L'existence d'autres réservoirs et vecteurs reste possible^[18]. Ces espèces sont :

• la chauve-souris frugivore à épaulettes de Franquet (Epomops franqueti) ;
• la chauve-souris à tête de marteau (Hypsignathus monstrosus) ;
• la petite chauve-souris frugivore à collier (Myonycteris torquata).

Elles possédaient soit du matériel génétique de virus Ebola, sous forme de séquences d'ARN, soit de signes de réponse immunitaire à la maladie.

L'ébolavirus de Bombali (BOMV), quant à lui, a été isolé de la petite chauve-souris à queue libre (Chaerephon pumilus) et de la chauve-souris à queue libre d'Angola (Mops condylurus (en)) en Sierra Leone^[19].

Comprendre les lieux d'incubation du virus entre les épidémies et son mode de transmission interespèces contribuera à protéger les humains et les autres primates contre ces virus^[20].

La voie d'entrée du virus est une étape clé de son cycle. Plusieurs voies ont été proposées pour le virus Ebola, telles que la phagocytose et l'endocytose médiée par la clathrine et la cavéoline. Cependant, Nanbo et al. (2010) et Saeed et al. (2010) ont démontré indépendamment qu'aucune de ces voies n'est réellement utilisée^[21],[22].

Ils ont découvert que le virus Ebola utilise la macropinocytose pour pénétrer dans les cellules hôtes^[23]. L'induction de la macropinocytose conduit à la formation d'endosomes spécifiques de la macropinocytose (macropinosomes), suffisamment grands pour accueillir les virions Ebola. Cette découverte a été confirmée par la colocalisation du virus Ebola avec la sorting nexine 5 (SNX5), une vaste famille de protéines membranaires périphériques associées aux macropinosomes nouvellement formés^[21]. De plus, le blocage de la voie de macropinocytose empêche l'entrée du virus Ebola dans les cellules. Quatre inhibiteurs spécifiques de la macropinocytose ont été testés : la cytochalasine D (agent dépolymérisant), la wortmannine (Wort), le LY-294002 (tous deux inhibiteurs de la PI3K) et l'EIPA (5-(N-éthyl-N-isopropyl)amiloride), un inhibiteur de l'échangeur Na+/H+ spécifique de la pinocytose^[21],[22].

Les particules virales d'Ebola internalisées sont ensuite transportées vers les endosomes tardifs où une colocalisation avec la GTPase Rab7 (marqueur des endosomes tardifs) est observée^[21]. La mutation des GTPases Rab5 et Rab7 inhibe en outre l'entrée virale^[22]. Après le transport vers les endosomes tardifs, le virus Ebola se lie au récepteur intracellulaire Neimann-Pick C1 (NPC1)^[24] et la membrane virale fusionne avec la membrane endosomale, permettant au virus de libérer son génome dans le cytoplasme^[25].

Le taux de mutation génétique est de 8 × 10⁻⁴ par site et par an, soit quatre fois moins rapide^[26] que celui de la grippe A chez l'humain. Par extrapolation, les virus Ebola et Marburg ont probablement divergé il y a plusieurs milliers d'années^[27]. Une étude menée en 1995 et 1996 a révélé que les gènes des virus Ebola et Marburg différaient d'environ 55 % au niveau nucléotidique et d'au moins 67 % au niveau des acides aminés. Cette même étude a montré que les souches du virus Ebola différaient d'environ 37 à 41 % au niveau nucléotidique et de 34 à 43 % au niveau des acides aminés. La souche EBOV présentait une modification de près de 2 % au niveau nucléotidique par rapport à la souche originale de 1976 (épidémie de Yambuki) et à la souche de l'épidémie de Kikwit de 1995^[28]. Cependant, la présence de paléovirus de filovirus chez les mammifères indique que la famille elle-même est vieille d'au moins plusieurs dizaines de millions d'années^[29].