En 1994, Ougoureh Kifleh Ahmed est le chef de file de la fraction du FRUD favorable à l’arrêt des hostilités et aux négociations avec le gouvernement djiboutien. Le mouvement se divise alors en deux. Le , il signe un accord de paix avec le gouvernement au nom de la partie du FRUD dont il est secrétaire général, alors que la fraction dirigée par Ahmed Dini poursuit la lutte armée jusqu'en 2001.
Il devient alors ministre de l’Agriculture en , puis de l’Administration et de la Réforme administrative en , enfin ministre de la Défense en . Il est également secrétaire général du FRUD.
Il est élu député au sein de la liste conjointe FRUD-RPP pour la région de Dikhil aux élections de , réélu en 2003 et 2008.
En , il n'est pas renouvelé dans le gouvernement djiboutien [1].
Il est décoré de l’ordre de la Grande Étoile de Djibouti par le président Ismail Omar Guelleh en 2004.
