À partir de 1995, Pablo Pérez a été le bras droit de Manuel Rosales, maire de Maracaíbo puis gouverneur de l'État de Zulia (2000-2008), devenant secrétaire général du gouvernement en 2006.
En 2004, il tenta de se faire élire maire de Maracaíbo pour le parti Un Nuevo Tiempo, un parti centriste particulièrement bien implanté dans cet État. Il fut battu de peu par Gian Carlo di Martino(en).
En 2008, il remporta l'élection pour le poste de gouverneur de l'État avec 53,59% des voix, soutenu par Un nuevo tiempo et d'autres formations opposées à Hugo Chávez.