Après dix ans dans ce journal, il quitte la presse écrite pour la radio, et rejoint la Rai, successivement comme responsable des journaux de Rai Radio 1 puis directeur de Rai Radio 3.
Son éviction en novembre 2009 par le gouvernement de Silvio Berlusconi à cause d'émissions jugées trop critiques à l'égard du pouvoir en place, il est annulé par le tribunal de Rome en juin suivant mais la direction de la chaine maintient sa décision[2].
En 2011, il change de média pour la télévision en entrant à la chaîne privée LA7. En 2014, il est choisi par la Conférence épiscopale italienne pour prendre la tête de ses médias de radio (Radio InBlu) et de télévision (TV2000)[1].
Le , le pape François le nomme préfet du dicastère pour la communication[3] en succession de Dario Edoardo Vigano, démissionnaire. C'est le premier laïc à exercer une charge de préfet de dicastère. Outre ses connaissances des médias, le choix de Paolo Ruffini semble avoir été motivé par son sens de la gestion des ressources humaines[1].
