Il devient joueur professionnel au cours de la saison 2004-2005, rejoignant le club affilié aux Thrashers dans l'ECHL, les Gladiators de Gwinnett. Il progresse l'année suivante vers la Ligue américaine de hockey où il rejoint le club-école principale des Thrashers, les Wolves de Chicago.
N'étant pas en mesure de conclure une entente avec le grand club, il signe en 2006 un contrat en tant qu'agent libre avec l'organisation des Hurricanes de la Caroline et rejoint ainsi leur club affilié, les River Rats d'Albany.
Dwyer fait ses premiers pas dans la Ligue nationale de hockey lors de la saison 2008-2009, s'alignant pour 15 rencontres avec les Hurricanes. Après avoir joué sept saisons avec les Hurricanes, il est laissé libre par l'équipe à l'été 2015, devenant agent libre. Sans contrat, il accepte un essai professionnel avec les Coyotes de l'Arizona mais est libéré de l'équipe peu avant le début de la saison régulière[2].