Pavel Novák pratique le hockey sur glace entre l'âge de quatre et quatorze ans. Il délaisse ensuite ce sport pour se lancer dans le cyclisme. Dans un premier temps, il essaye le cyclo-cross. Il bascule toutefois rapidement vers la route, tout en participant à des compétitions sur piste[1],[2].
Lors de la saison 2022, il se distingue sur le territoire italien en obtenant trois victoires et diverses places d'honneur, sous les couleurs du club Ciclistica Trevigliese. La même année, il devient champion de Tchéquie du contre-la-montre juniors. Il brille également au niveau international en terminant deuxième d'une étape du Grand Prix Rüebliland, sixième de la Course de la Paix juniors, huitième du championnat d'Europe du contre-la-montre juniors ou encore dixième du championnat du monde sur route juniors[2].
En 2023, il intègre l'équipe continentale MBH Bank Colpack Ballan. Avec cette formation, il confirme ses qualités de grimpeur en finissant deuxième de Bassano-Monte Grappa et huitième de l'étape reine du Tour du Frioul-Vénétie julienne. Il se fait aussi remarquer sur le montagneux Tour de la Vallée d'Aoste, où il se classe troisième d'une étape et sixième du classement général. Grâce à ses bons résultats, il devient stagiaire au sein de la formation Q36.5 Pro[3]. En 2024, il remporte sa première victoire dans une course internationale lors du Trofeo Piva, en Italie. Il termine également cinquième du Giro Next Gen, l'une des courses les plus importantes chez les espoirs.