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Durant la Guerre d'Indépendance du Pérou[2], l'«écouteur» Goyeneche (déjà retraité) fut probablement le membre de cette famille si importante dans la factionroyaliste qui a souffert de la plus grande persécution des patriotes indépendantistes.
Après l'entrée de San Martin[3] au Pérou en 1822, Torre Tagle[4] lui imposa une contribution de 320 000réals à cause de sa loyauté au roi d'Espagne pour soutenir la guerre contre les espagnols. Goyeneche ne répondit pas à la requête. Un mois plus tard, le , Bernardo de Monteagudo, après s'être emparé de 40 000pesos que Goyeneche tenait en dépôt en cas d'extrême nécessité aux mains du père Manuel José Pedemonte, réitéra cette réclamation lui donnant un délai de trois jours pour s'acquitter de la somme. Mais sans attendre ce délai, Monteagudo, ce même jour , insista auprès de Goyeneche, lui proposant cette fois, trois heures ou la prison.
Pedro Mariano de Goyeneche ne se laisse pas impressionner et Monteagudo l'arrête aussitôt, et le transfère à la prison publique, habillé en président. Il sera exposé ainsi avec les fers, promené dans les rues d'Arequipa devant des centaines d'indépendantistes que Manteagudo avait excités contre la famille de Goyeneche.
Sa pension de fonctionnaire retraité est également récupérée par Monteagudo.
Finalement, le , Pedro Mariano vend quelques bijoux, livres et meubles pour plus de 2 000 reals argent. Ensuite Monteagudo ordonne son transfert à une maison de fous de San Andrés et, plus tard, une peine de déportation à l'île Juan Fernandez où on l'obligera de quitter immédiatement le Pérou.
Bernardo de Monteagudo, à la suite de cet épisode des bijoux qu'il montra publiquement à Guayaquil (Équateur) comme un trophée, confessa peu après dans un manifeste daté du à Quito (Équateur), dans lequel il dit:
"yo empleé todos los medios que estaban a mi alcance para inflamar el odio contra los españoles; sugerí medidas de severidad, y siempre estuve pronto a apoyar las que tenían por objeto disminuir su número y debilitar su influjo público o privado. Este era mi sistema y no pasión…"
"J'ai employé tous les moyens qui étaient en mon pouvoir pour attiser la haine contre les espagnols; j'ai suggéré des moyens de sévérité, et j'ai toujours été prêt pour soutenir ceux qui avaient pour objectif de diminuer leur nombre et annihiler leur influence publique ou privée. Ceci était mon système et non une passion..."
Le magistrat Goyeneche est l'une des victimes les plus connues de ce système.
Pedro Mariano vint à la péninsule dans un vaisseau britannique qui se dirigeait vers Rio de Janeiro (actuel Brésil) pour revenir à Gibraltar. Il arriva à Madrid où le propre roi Ferdinand VII voulut lui remettre personnellement, dans le palais royal, la Grand Croix d'Isabelle la Catholique pour son comportement héroïque et sa loyauté inébranlable à l'Espagne.
La situation instable et insécuritaire de l'Espagne à cette époque fit qu'en 1825, il décide de venir à Bordeaux où il mourra en 1844 et où il est aussi enterré.
Cousin du père de Flora Tristan, il la reçut à Bordeaux.
Dans son testament, en plus des traditionnels dons aux œuvres pieuses et d'abondants lègs aux institutions péruviennes, il voulut laisser la constance de sa loyauté à l'Espagne:
«Declaro que he vivido, vivo y protesto morir fiel español, cuyo título me ha honrado en vida y me honrará en muerte, y que jamás he hecho acto ni cometido acción por la que haya desmerecido gozar del derecho de nacional español, en cuyo ejercicio estoy, pues a pesar de que mi país natal se declaró independiente de su metrópoli, preferí guardar como caballero y como funcionario público español el juramento de fidelidad a Su Majestad Católica, el mismo que supieron guardar mis padres y ascendientes...» (Bordeaux, )
«Je déclare que j'ai vécu, vit et réclame mourir fidèle à l'Espagne, avec le titre m'ayant honoré en vie et qui m'honorera dans la mort, et que jamais je n'ai fait d'acte ni commis d'action qui soient allées à l'encontre du droit national espagnol, dans cet exercice j'ai, bien que mon pays natal se soit déclaré indépendant de sa métropole, préféré garder comme cavalier et comme fonctionnaire public espagnol le jugement de fidélité à sa Majesté Catholique, comme l'ont fait mes parents et ancêtres... (Bordeaux, )»
↑ José Bernardo de Tagle Portocarrero (Lima 21 mars 1779 - † Callao 26 septembre 1825), connu comme Marquis de Torre Tagle, fut un militaire et politique péruvien, qui présida la République péruvienne entre 1823 et 1824.
