Ce phare était géré par la Garde côtière américaine, et les phares de l'État de Californie sont entretenues par le District 11 de la Garde côtière [1].
Le besoin d'un phare à Point San Luis a été reconnu dès 1867. Cette année-là, le président Andrew Johnson a ordonné au Département de l'Intérieur d'enquêter sur la logistique du placement d'un phare à cet endroit. Dans les années 1870, Port Harford était très occupé, avec une moyenne de 400 navires par an arrivant à cet endroit, et le besoin d'un phare a été de nouveau découvert. En 1877, la Tribune of San Luis Obispo a rapporté que le député Romualdo Pacheco avait présenté un projet de loi pour la construction d'un phare à Point San Luis. Ce premier effort n'a pas réussi, mais en 1886, le Congrès a finalement adopté l'autorisation de financement pour le phare.
La construction du phare a été retardée et il a fallu le quasi désastre d'un naufrage pour faire avancer le projet. Dans la nuit du , un navire appelé Queen of the Pacific(en) commençait à prendre de l'eau. Il était environ 2 heures du matin et le bateau se trouvait à environ 24km de Port Harford. Le capitaine a dirigé son navire vers le port à vitesse réduite à cause de l'obscurité et par crainte des rochers à l'entrée du port. Le navire, à environ 150 m de la jetée, s'est échoué en eau peu profonde. Il n'y eut pas de vies perdues. On a fait valoir, cependant, qu'avec un phare pour le guider, le navire aurait facilement atteint le quai. Ceci a fourni l'impulsion finale pour la création du phare.
Le phare a été achevé en et a été mis en service le . Selon les spécifications, la lentille de Fresnel de 4e ordre produisait, à une hauteur focale de 25 m, des éclairs rouges et blancs alternés toutes les 30 secondes qui étaient visibles jusqu'à 17 milles marins (environ 31km).
En 1969, l'objectif de Fresnel a été retiré (il est actuellement exposé dans la City Library de San Luis Obispo) et a été remplacé par un éclairage électrique automatisé. Il émettait un éclat blanc toutes les 5 secondes. En 1975, l'US Coast Guard a désactivé le phare.
Après le classement du phare au National Register of Historic Places property types(en) il est devenu un site historique, éducatif et récréatif, à l'usage et à la jouissance du public en 1992. En 1995, la société à but non lucratif Point San Luis Lighthouse Keepers a été créée pour gérer cette tâche. Au début de 2010, à l'occasion du 120e anniversaire du phare, la lentille de Fresnel d'origine est revenue au phare pour être exposée.
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