En 1905, le service des phares des États-Unis identifie l'île de la Navasse comme un bon emplacement pour un nouveau phare[5]. Cependant, les plans évoluent lentement. Avec l'ouverture du canal de Panama en 1914, la navigation entre la côte est américaine et le canal via le passage du Vent entre Cuba et Haïti augmente dans la région de la Navasse qui s'avère être un danger pour la navigation. Le Congrès alloue 125 000 $ en 1913 pour construire un phare sur l'île[6], et en 1917, le Service des phares fait construire un phare de 49 mètres de haut sur l'île, à 120 mètres au-dessus du niveau de la mer. Au même moment, une station de télégraphie sans fil est établie sur l'île[7]. Un gardien et deux assistants sont affectés à y vivre, mais les conditions sont si difficiles en raison de la chaleur que le Service des phares installe une balise automatique dès 1929. L'ingénieur George R. Putman crée alors un système permettant un fonctionnement autonome du feu, ce qui fait du phare l'un des premiers automatisé du monde[4].
Après avoir absorbé le service des phares en 1939, la Garde côtière américaine entretient le phare deux fois par an. La marine américaine installe un poste d'observation pendant toute la durée de la Seconde Guerre mondiale.
En 1996, les garde-côtes démantèlent le phare. Par conséquent, le ministère de l'Intérieur assume la responsabilité de l'administration civile de la région et place l'île sous son Bureau des affaires insulaires[8].
