Le phare a été construit en 1843 par la Maison Trinité de Québec et fait partie, avec les phares de l'île Verte et de l'île Bicquette des premiers du chenal Sud du fleuve Saint-Laurent, alors la route maritime la plus importante de l'estuaire. Il a été construit à partir de blocs de pierre calcaire de l'Écosse taillé par des prisonniers. Il a été construit par l'entrepreneur montréalais Joseph Andrew au coût de 4042 livres selon les plans de l'ingénieur civil montréalais Charles Atherton[3].
La phare a subi peu de modifications depuis sa construction. La lanterne a été remplacée en 1914 et les murs intérieurs ont été renforcés par du béton. Le dernier gardien, Antonio Bourgault, quitte le phare en 1960. Il est aujourd'hui exploité de façon automatique par la Garde côtière canadienne et il sert toujours d'aide à la navigation[3].
La Corporation des Amis du Port-Joli est propriétaire du phare depuis le [4].