L'année suivante, il épousa à Gibraltar sa fiancée, une Miss Elliott. Il devint aussi commander et fut fait Captain of the Fleet de l'amiral Keith. À ce titre, il participa au siège de Gênes en 1800 puis aux opérations en Égypte et dans l'Empire ottoman où il commanda la HMS Déterminée. Il en fut récompensé par une boîte ornée de diamants et l'ordre du Croissant. Durant la paix d'Amiens, il fut chargé de diriger les unités territoriales d'Essex[1].
Avec la reprise de la guerre, il retrouva du service dans les Antilles, à bord de la HMSAcasta. Il la conduisit jusqu'à La Guaira où il captura la corvette française Serpent sous le commandement de Paul de Lemanon. Beaver se rendit immédiatement à Caracas, apportant des nouvelles du soulèvement espagnol contre l'invasion napoléonienne et de la formation des Juntes pour défendre le droits du Ferdinand VII. De cette manière, les Vénézuéliens furent informés qu'un changement d'alliances avait eu lieu jusqu'en Mai 1808, l'Espagne et la France ayant combattu ensemble contre l'Angleterre; Depuis lors, l'Angleterre et l'Espagne combattent ensemble contre les Français. Beaver resta aux Antilles jusqu'à la prise de la Martinique en . Il fut ensuite stationné avec le tout neuf HMS Nisus(en) dans l'océan Indien. Il participa à la conquête de Maurice puis à celle de Java. Après une longue station au Mozambique, il fut rappelé en Grande-Bretagne. Il mourut à bord de son navire d'une infection intestinale dans d'atroces douleurs. Ruiné, il laissa sa veuve et ses six enfants dans la misère[1].
