Philippe Junot est le fils de Michel Junot, député, sous-préfet et ancien adjoint au maire de Paris, et de Lydia Tyckjaert, fille d’un industriel danois. Courtier en valeurs mobilières et promoteur immobilier, Philippe Junot a des intérêts commerciaux à Paris, Montréal et Détroit.
Il épouse la princesse Caroline, fille aînée du prince Rainier III de Monaco et de Grace Kelly, civilement à Monaco le et religieusement le . Le couple divorce le , son épouse l’accusant d’infidélité. Philippe Junot, en revanche, a affirmé que ce sont les relations de Caroline et l’ingérence constante de ses parents qui ont conduit à la rupture. Le Vatican a finalement reconnu la nullité de leur mariage en 1992.
Il se remarie avec Nina Wendelboe-Larsen en 1988 et a trois enfants avec elle: Victoria, Isabelle (marquise consort de Cubas)[2],[3] et Alexis. Le couple divorcera enduite.
Il a également une fille, Chloé, née en 2005 à Paris, avec le mannequin Helén Wendel[4].
Philippe Junot aurait été victime des fraudes de l’investisseur Bernard Madoff, dont les sociétés d’investissement se sont effondrées à la fin de 2008[5].