Actif dans le combat pour l'indépendance du Congo belge, il lutte contre les réformes de séparatisme régional et tribal, et fonde[1] le [2] le parti du Centre de Regroupement Africain (CEREA).
La motion du signée par Philippe Nkubiri et son comité préconise une initiative originale[3]: «qu’une Commission de consultation dans laquelle siégeraient les délégués des mouvements politiques congolais, entre autres le M.N.C. et le CEREA, soit formée d’urgence pour élaborer la loi fondamentale du Congo, supplantant la Charte Coloniale.»
À la veille de l'indépendance, il y eut des élections législatives[4] en . Au niveau provincial, le CEREA est clairement le premier parti du Kivu avec plus de 40% des élus (10 députés nationaux, 30 conseillers provinciaux et 7 sénateurs) mais n'obtient pas de majorité au sein de l'assemblée.
Au niveau national, le CEREA est intégré à la coalition MNC-L menée par Patrice Lumumba.
En 1964, lors des émeutes fomentées par des partisans de Pierre Mulele, le Président de la province Simon-Pierre Malago se trouve à Léopoldville. Le gouvernement du Kivu composé notamment de Boji Dieudonné (ministre de l'Intérieur) avec certains de ses ministres, notamment Philippe Nkubiri (ministre de la Justice) se trouve à Bukavu[4] sur la presqu'île de «La Botte». Seule celle-ci échappe aux émeutiers. Pour protéger la population du Kivu[5] Philippe Nkubiri rencontre Mamikazi (titre donnée à la Reine dans la culture de la tribu Ngweshe), Astrida Mwanalugganda, afin qu'elle donne ordre à ses combattants de prendre les armes contre les rebelles. Dans son édition du , le New York Times reprend en détail cet évènement.
Marié à Marina Mchikala en 1943, Philippe Nkubiri eut huit enfants.
Son fils aîné Donat Lukuba Baderaghe (1945-1998) fut ingénieur et directeur de la logistique à la Garde Civile. Le couple donna aussi naissance à Fidèle (directeur régional du Plan à Bukavu), Cécile, Noëlla, Déodate, Désiré, Aubert et Béatrice.
↑(en) «Congo Tribe Takes the Warpath Against Leftist‐Led Kivu Rebels; Villagers Pledge to Defend Homeland—Government Rallies Them to Cause», The New York Times, (lire en ligne, consulté le ).