Il a étudié chez Hubert Schoonbroodt au conservatoire royal de Liège et y a notamment obtenu les premiers prix d'orgue et de basson.
En 1986, il a été nommé organiste titulaire de l'église Saint-Jacques de Liège qui abrite un grand orgue Renaissance, classé patrimoine exceptionnel de Wallonie. Il a été chargé par la Ville de Liège de la direction des travaux de restauration de cet instrument.
Professeur d'orgue à l'académie Grétry de Liège et à l'Académie de Malmedy, il donne de nombreux concerts d'orgue en Belgique et à l'étranger.
Depuis 1998, il est le directeur artistique du Festival d'Orgue de Liège.
Pierre Thimus est aussi chef d’orchestre et de chœur, il a fondé l'orchestre Convivium et le chœur symphonique de Liège.
