Après son ordination, il poursuit ses études et obtient une licence en théologie biblique en 1974 puis un doctorat en théologie en 1980.
Il a ensuite exercé successivement comme professeur aux séminaires de Namur et de Liège. En 1994, Albert Houssiau, évêque de Liège, le nomme président du séminaire de Liège. En 1998, il devient chanoine titulaire de la cathédrale Saint-Paul de Liège et en 2001, le nouvel évêque de Liège, Aloys Jousten, le nomme vicaire épiscopal.
Le , le pape Jean-Paul II le nomme évêque auxiliaire de Namur avec le titre d’évêque titulaire de Tongres[1]. Il reçoit la consécration épiscopale le , en la cathédrale Saint-Aubain de Namur, des mains de André Léonard, évêque de Namur[1]. Il se choisit comme devise épiscopale «La puissance de Dieu donne toute sa mesure dans la faiblesse».
En tant qu’évêque auxiliaire, Pierre Warin exerce la fonction de vicaire général. Au niveau de la conférence des évêques de Belgique, Pierre Warin est évêque responsable pour la pastorale familiale, les religieux et religieuses ainsi que les tribunaux ecclésiastiques.
Évêque diocésain de Namur
Le , le pape François nomme Pierre Warin évêque de Namur[1] en remplacement de Rémy Vancottem qui se retire pour raison d'âge. Le suivant, en la cathédrale Saint-Aubain, l'évêque Pierre Warin prend solennellement possession du diocèse de Namur.
Le , Fabien Lejeusne est nommé pour lui succéder[2].
