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Pius Segmüller grandit à Emmen, dans le canton de Lucerne, et fréquente l'école secondaire à Saint-Clément à Ebikon. Il suit une formation d'enseignant dans le secondaire à Zurich et travaille d'abord dans le canton d'Uri en tant que professeur.
Pius Segmüller est nommé commandant de la Garde suisse après l’assassinat de son prédécesseur Alois Estermann. Sous son commandement, il crée en Suisse une agence d'information et de recrutement. Le processus de sélection devient plus strict. Il veille également à l'intensification de l'éducation et la formation des gardes.
En 2002, il est remplacé par Elmar Mäder et devient chef de la police de la ville de Lucerne (2002-2006).
En , Pius Segmuller est élu au Conseil national en tant que membre du Parti démocrate-chrétien comme représentant du canton de Lucerne. Candidat à sa propre succession, il n'est pas réélu lors des élections fédérales d'[1].