Né à Tegucigalpa, capitale du Honduras, de Inocencio Bonilla et Juana Vasquez, Bonilla devient avocat le . Après que Marco Aurelio Soto a pris le pouvoir avec l'aide du président guatémaltèque Justo Rufino Barrios en 1876, Bonilla occupe quelques positions dans son gouvernement. Le , il crée le journal El Bien Publico.
En avril, Bonilla appelle à des élections de l'assemblée constituante pour juin. Cette dernière se rencontre le et rédige une nouvelle constitution. Malgré le fait que le vote des femmes soit soutenu par trois députés, cette clause n'apparaît pas dans la version finale de la constitution qui est promulguée le 14 octobre. Dans celle-ci est inscrit l'interdiction pour le président de se présenter à sa réélection et propose l'élection directe des juges de la cour suprême[2]. Lors de l'élection présidentielle subséquente(en) en 1894, Bonilla l'emporte avec plus de 98% des suffrages. Il reste au pouvoir durant l'ensemble de son mandat jusqu'en 1898 et Terencio Sierra lui succède.
Plus tard, il devient député au Congrès national du Honduras et également gouverneur de Tegucigalpa. Il est décrit par Rafael Heliodoro Valle comme «un héros qui transforma le Honduras, pour lui donner un conscience». En 1919, il fait partie de la délégation du Honduras lors de la conférence de la paix de Paris à Versailles.
