La proctalgie fugace se manifeste le plus souvent en milieu de nuit[3] et dure généralement de quelques secondes à quelques minutes[4]. Une douleur durant plus de vingt minutes est le plus souvent diagnostiquée comme un syndrome du releveur de l'anus. Dans une étude prospective de 2007[5] sur 1 809 patients sélectionnés aléatoirement, 54 ont été diagnostiqués positivement. 83 % des patients atteints n'avaient jamais consulté pour cela. Les attaques avaient lieu de jour (33 %) aussi bien que de nuit (35 %) et le nombre moyen d'attaques était 13 par an. Les femmes étaient plus touchées, représentant 69 % des patients. Les premières manifestations peuvent avoir lieu dans l'enfance mais plusieurs études suggère un âge moyen de 45 ans pour les premières crises. Les données sont variables concernant la prévalence, l'étude de 2007 suggérant 3 % mais d'autres études trouvant des résultats pouvant aller jusqu'à 8–18 %[4],[6].
Pendant une crise, le patient ressent une douleur intense, souvent décrite comme un spasme, parfois insupportable, située dans la région du rectum ou de l'anus, souvent confondue avec un besoin de déféquer. Pour un diagnostic de proctalgie fugace, la douleur doit être de novo (c'est-à-dire ne pas avoir de cause claire). Ainsi les douleurs associées à une constipation, pénétration anale, traumatisme, effet secondaire de médicaments (en particulier opiacés), écartent le diagnostic. La douleur disparaît toute seule mais peut revenir[4].