L'entreprise est fondée en 1990[3] ou 1995[4]. Lors de ses premières années, elle fabrique des torchères pour brûler des gaz, entre autres dégagés par les décharges[4]. En 2009, Sébastien Paolozzi rejoint l'entreprise dirigée par son père[3]. La structure compte alors cinq employés[5].
En 2014, le premier pilote d'épuration de biogaz est installé grâce au soutien de la région Rhône-Alpes[3].
En 2016, Suez entre au capital à hauteur de 22 %[3],[4].
En 2017, Prodeval reçoit le trophée de l'Innovation au salon Expobiogaz pour sa station de transformation du biogaz en bioGNV nommée « AgriGNV », déjà installée dans une exploitation agricole en Haute-Marne[6].
En 2018, elle ouvre une filiale en Italie et réalise 4 millions d'euros de chiffre d'affaires à l'étranger[5]. Elle réalise un chiffre d'affaires de 24 millions d'euros sur l'ensemble de cette année[3] et compte une centaine de salariés[5].
En 2019, elle ouvre une filiale sur le marché nord-américain, basée à Montréal (Canada), et réalise 22 % de son chiffre d'affaires à l'export[7], chiffre qui se stabilise les années suivantes[8].
En 2019, l'entreprise réalise un chiffre d'affaires de 36 millions d'euros, avec 148 salariés[7] et met en service environ 140 unités d'épuration membranaire du biogaz (Valopur) en France et en Europe[7].
En 2021, la société annonce l'ouverture d'un centre de formation destiné à ses salariés et aux différents acteurs de la filière du biogaz, notamment les agriculteurs et les employés de collectivités[8].
En 2021, l’entreprise crée deux nouvelles filiales en Tchéquie et aux États-Unis d'Amérique[9].
En avril 2024, Prodeval s'allie avec Aventech (ex groupe Reyes), une autre entreprise de la Drôme qui a une expérience de 50 ans, pour construire un parc d'activités de 20 000 m carrés à Alixan[10],[11]. 5 000 m carrés seront alloués à une ligne de production pour du biogaz ce qui est, selon un communiqué commun aux deux entreprises, « une première mondiale dans la filière biogaz »[12].
