Historiquement, ce sont les frères de l'ordre franciscain qui sont les premiers à arriver en Nouvelle-Espagne, ainsi que dans la région du lac de Pátzcuaro, afin d'y mener l'évangélisation et de faciliter la consolidation du nouvel ordre social. Les Franciscains ayant fondé le premier couvent de San Diego[2] en 1750, ce qui explique le choix de San Diego de Alcalá comme saint patron, en tant que moine de cette congrégation. Bien qu'elle dépend administrativement de la juridiction de Tzintzuntzan, elle est constituée en paroisse auxiliaire de celle-ci vers 1748. Des années plus tard, avec la sécularisation du clergé au XVIIIe siècle par décret royal, l'administration de la paroisse passe aux mains du clergé séculier en 1787[3], subissant une restructuration.
À la fin du XVIIIe siècle, il existe une école pour les enfants des indigènes, qui payaient le salaire du maître sur les biens communaux. À l'époque coloniale, les indigènes vivent principalement de l'agriculture, de la pêche, du travail artisanal du bois en tant que bateliers, de la peinture de caisses en bois fabriquées à Cuanajo, ou du service entre particuliers. Les membres des castes sont vendus et achetés comme esclaves au service des Créoles et des péninsulaires, qui s'occupaient de l'administration civile et ecclésiastique, et se consacraient principalement à l'élevage, à la location de terres et à l'achat-vente de céréales.