La rivière Savoie prend sa source dans le rang du Haut-Saint-Olivier, dans la municipalité de Saint-Elzéar, sur le versant nord du Mont du Cosmos. Cette zone de tête est située à 2,0 km au sud-ouest du centre du village de Saint-Elzéar, à 5,5 km à l'ouest de la rivière Chaudière et à 3,8 km au nord du sommet du Mont Saint-André.
À partir de sa source (soit à la hauteur du chemin du rang du Haut-Saint-Olivier), la rivière Savoie coule sur 7,2 km répartis selon les segments suivants:
1,8 km vers le nord-est, dans la municipalité de Saint-Elzéar, jusqu'à une route du rang Haut-Saint-Jacques, qu'elle coupe à 0,6 km au sud du centre du village;
1,6 km vers le nord-est, jusqu'au chemin du Haut-Saint-Thomas lequel démarque les municipalités de Saint-Elzéar et de Sainte-Marie-de-Beauce;
Source de la Rivière Savoie entre Rang Haut Saint-Olivier et Rang Haut Sainte-Anne3,8 km vers le nord-est, en traversant la route du rang Saint-Étienne-Sud (qui longe la rive est de la rivière Chaudière), jusqu'à sa confluence.