Le , Stopford - capitaine de la frégate de 5erangHMSPhaeton[1] de 38 canons - capture la Bonne Citoyennecorvette de 20 canons au large du cap Finisterre. Stopford la ramène en Angleterre comme prise. La Royal Navy intègre ce navire dans sa flotte sous le nom de HMSBonne Citoyenne, un sloop de 6erang. Alors qu'il est stationné dans la Manche, le Phaeton capture au total 13 corsaires de trois navires de guerre, et reprend un grand nombre de navires qui avaient été capturés par les Français[2].
Il devient colonel des Marines en et reçoit une Naval Gold Medal pour sa conduite à la bataille de San Domingo en 1806, tout en conservant le commandement du Spencer[1]. Stopford est blessé pendant la bataille, une blessure qui le handicapera tout le reste de sa vie.
Il prend part aux invasions britanniques du Río de la Plata, à la bataille de Copenhague de 1806-07, et attaque Rochefort en 1808[1]. Stopford joue un rôle important dans la bataille de l'île d'Aix[1]. Il reçoit le commandement du HMS Caesar (80), au sein d'un escadre de deux navires de ligne et de cinq frégate. Le , il poursuit quatre frégates françaises sous les batteries des Sables-d'Olonne, un combat qui le laissera paralysé. Stopford continue son blocus jusqu'à ce que Lord Gambier chasse une flotte de dix vaisseaux de ligne française dans la rade des Basques et prenne le commandement. Après le combat, Stopford est appelé à témoigner devant la cour martiale chargée de juger Gambier et l'exonère de toute faute[3].
Stopford épouse Mary, fille de Robert Fanshawe, en 1809[6]. Leur fils ainé, Robert Fanshawe Stopford (1811–1891), parvient lui aussi au rang d'amiral, et leur second fils, James John Stopford (1817–1868), à celui de vice-amiral. Stopford meurt en , à l'âge de 79 ans. Sa femme lui survit pendant près de vingt ans et meurt en .