En 1986, Rubén Amaro est intronisé au Salón de la Fama, le temple de la renommée du baseball mexicain, où son père Santos est déjà honoré. Il s'agit du premier duo père-fils à être honoré de cette manière.
Le , un nouvel échange l'envoie des Phillies aux Yankees de New York en retour du joueur de champ intérieurPhil Linz. En 1967, la deuxième de ses trois saisons chez les Yankees, Amaro ne frappe que pour ,223 de moyenne au bâton en 130 matchs mais réussit un record personnel de 93 coups sûrs durant l'année. Il met fin à sa carrière de joueur après quelques matchs joués pour les Angels de la Californie en 1969.
En 1989, il dirige les Tigers de Bristol[7], un club-école des Tigers de Détroit, pour qui il est dépisteur dans les années 1990. En 1995, il dirige les Petroleros de Minatitlan de la Ligue mexicaine de baseball[7]. Revenu dans l'organisation des Cubs de Chicago, il est gérant de deux de leurs clubs de ligues mineures: les Cubs de Williamsport en 1996 et les Cubbies de Rockford en 1997 et 1998[7]. Il retourne chez les Phillies comme coordinateur de la défensive au tournant des années 1990 et 2000[9],[10] et dirige leur club-école de la Gulf Coast League en 2003[7]. En 2009, il n'est affilié à aucun club du baseball majeur pour la première fois en 50 ans mais dirige, 73 ans, une académie de baseball à Maracaibo au Venezuela[11].
