Sélectionné ensuite en 18echoix global lors du premier tour de la draft 2016 par la franchise des Colts d'Indianapolis, il y reste neuf saisons avant de rejoindre en 2025 les Vikings du Minnesota.
Il ne joue pas lors de la saison 2011 ayant le statut de joueur redshirt alors qu'Alabama remporte le titre national[2].
Après avoir été désigné remplaçant du centreBarrett Jones en 2012, il participe à 10 matchs. Kelly est sélectionné dans l'équipe des meilleurs joueurs frashman de la Southeastern Conference (SEC) aux côtés d'Amari Cooper et T. J. Yeldon(en)[3]. Il devient titulaire à ce poste dès la saison suivante, la ligne offensive étant classée 23e du ays et 4e de la SEC au nombre de sacks accordés par match (1,31).
Kelly est sélectionné au premier tour par les Colts d'Indianapolis, en 18echoix global lors du premier tour de la draft 2016 de la NFL[7]. Les attentes des Colts envers Kelly sont élevées puisqu'ils compte sur lui pour qu'il devienne leur meilleur centre depuis Jeff Saturday[8]. Il est le premier joueur de ligne intérieur d'Alabala sélectionné lors d'un premier tour de draft depuis Chance Warmack en 2013[9].
Colts d'Indianapolis
Le , Kelly signe son contrat rookie de quatre ans pour un montant de 10,45 millions de dollars entièrement garanti dont une prime à la signature de 5,80 millions[10],[11].
Il est désigné titulaire au poste de centre au début de la saison 2016 et joue les 16 matchs de la saison[12].
En 2017, sa saison est perturbée par les blessures; une au pied qui lui fait manquer les 4 premiers matchs de la saison[13], et une occasionnée en 12e semaine, une commotion cérébrale qui met fin en à sa saison[14].
Le , les Colts activent l'option de cinquièpe année du contrat de Kelly[15].
En , Kelly signe une prolongation de contrat de 4 ans pour un montant de 50 millions de dollars, devenant le centre le mieux payé de la ligue[16].