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Le , Walker commence sa première expédition de flibuste: la conquête des territoires mexicains de la Basse-Californie et de la Sonora. Il réussit à s'emparer de La Paz, capitale de la Basse-Californie, qui est alors un vaste territoire très peu peuplé. Il en fait la capitale de la nouvelle république de Basse-Californie, dont il se proclame président, et dote le nouvel État d'une constitution calquée sur celle de la Louisiane.
Bien qu'il n'ait jamais réussi à s'approprier la Sonora, il décide trois mois plus tard d'intégrer la Basse-Californie à une grande république de Sonora. Craignant des attaques de l'armée mexicaine, il déplace ses positions d'abord à Cabo San Lucas au sud, puis à Ensenada au nord. Le manque de soutien matériel, l'extrême aridité de la Basse-Californie et une résistance inattendue de la part des Mexicains contraignent Walker à battre en retraite[1].
(en) William Oscar Scroggs, Filibusters and Financiers; the story of William Walker and his associates, New York, The Macmillan Company, (lire en ligne)
(es) Olmeda García, María del Pilar (2010). Baja California. Historia de las instituciones jurídicas. Ciudad de México: Instituto de Investigaciones Jurídicas UNAM.
(es) Rosengarten, Frederic (2002). William Walker y el ocaso del filibusterismo. Tegucigalpa: Guaymuras.