À son retour en Slovaquie, il est de 1993 à 2005 vice-provincial des Rédemptoristes dans la nouvelle République slovaque. il est en outre de 1996 à 2002 président de la Conférence des supérieurs majeurs des ordres religieux de Slovaquie. Parallèlement il est chargé de cours notamment à l'institut de théologie du séminaire de Badín (Kňažský seminár sv. Františka Xaverského) puis à l'université de Trnava.
Archevêque de Trnava
En 2009 il est nommé archevêque de Trnava pour succéder à MgrSokol(en), en place depuis 1988, atteint par la limite d'âge.
Son limogeage à la fin du pontificat de Benoît XVI en 2012 suscite un large mouvement de protestation parmi les fidèles[1]. Selon la radio publique slovaque, une enquête du Saint-Siège aurait révélé des cas d’ordinations non conformes au droit canon: Mgr Bezák aurait procédé à l’ordination sacerdotale de candidats n'ayant pas obtenu de dimissoire de leur propre évêque diocésain ou du supérieur de leur ordre. Beaucoup de fidèles soupçonnent la hiérarchie de l'Église catholique de craindre les conséquences de la remise en ordre engagée par Mgr Bezák des finances de l'archidiocèse au vu des irrégularités financières et des libéralités en faveur des proches de son prédécesseur MgrSokol(en), déjà en place à l'époque communiste[2]. Après une prise de parole sur une chaîne de télévision privée, il reçoit en 2013 l'ordre de ne plus s'exprimer dans les médias[3].
